Về nội dung học tập, Nho giáo chỉ nói đến "trí dục" và "đức dục" mà không xét đến mặt "thể dục" là mặt cũng rất cần cho sự phát triển toàn diện con người. Những kiến thức về giới tự nhiên và về sản xuất vật chất không được Nho giáo đề cập (bởi ở thời của Khổng Tử, khoa học kỹ thuật và nền sản xuất chưa phát triển). Do vậy, người học tuy thấm nhuần tư tưởng Nho học về đạo đức, tinh thông cổ văn, nhưng kiến thức về khoa học tự nhiên, sản xuất thực tiễn thì lại không phát triển. Cả hai mặt tiến bộ và hạn chế của Nho giáo đều để lại dấu ấn trên Nho sĩ. Khi tiếp xúc với nền văn minh phương Tây mạnh về khoa học kỹ thuật, nếu người xuất thân Nho học biết tiếp thu những kiến thức khoa học và sản xuất thì sẽ khắc phục được mặt hạn chế, trở nên "Vừa có tài vừa có đức", ngược lại nếu tiếp thu không có chọn lọc thì không những không khắc phục được hạn chế mà những giá trị đạo đức của nền Nho học cũng bị đánh mất.

Nhược điểm nghiêm trọng hơn nữa là Nho giáo Việt Nam thiếu sự xuất hiện các trường phái học thuật nên vận động trong sự đơn điệu và một chiều, chứ không được phong phú và đa dạng như Nho giáo Trung Quốc. Nho giáo Việt Nam thiếu sự vận động bên trong, thiếu sự phản tỉnh nên trì trệ. Đa số nhà Nho Việt Nam chỉ đặt cho mình mục đích học là để đi thi, thi đỗ thì ra làm quan để được giàu sang, sung sướng. Đạt được mục đích đó thì xem như việc học tập đã kết thúc. Ít người có chí cao xa, như học để tham gia tranh luận những vấn đề mang tầm khu vực, học để kinh bang tế thế hoặc để phát triển văn hoá, đạt đến những tầm cao tư tưởng. Cũng có một số Nho sĩ quan tâm đến học thuật, nhưng thường là các vấn đề chính trị và đạo đức, ít bàn đến vấn đề siêu hình, một lĩnh vực thuần túy triết học làm nền tảng cho khả năng nhận thức sâu sắc thế giới và hành động sáng tạo. Thậm chí, họ còn biến những vấn đề siêu hình thành cái thực tế, thực dụng. Vì học tập và tư duy như thế nên họ ít có cống hiến to lớn trong lĩnh vực học thuật có thể so sánh với các nước khác cũng chịu ảnh hưởng của Nho giáo.[6] Nền giáo dục Nho giáo Việt Nam chỉ sản sinh ra được một tầng lớp quan lại có nền tảng Nho học còn các loại hình trí thức then chốt của một tầng lớp trí thức thực thụ thì xuất hiện thưa thớt, mờ nhạt, hoặc hoàn toàn vắng bóng trong một số lĩnh vực như triết học.[7]

Một số nhà Nho uyên thâm của Việt Nam khi đứng trước kho tàng đồ sộ và uyên bác của Nho giáo Trung Quốc thường tóm lược lấy những điều cốt yếu, biên soạn lại thành những tài liệu đơn giản và ngắn gọn để dạy học trò. Có thể liệt kê các sách Nho học như “Tứ thư tập chú” của Chu Hy, “Tứ thư đại toàn” của Tống, Nguyên, Minh, Thanh Nho, sang Việt Nam chỉ còn là “Thuyết ước” (tóm lược học thuyết) và “Ước giải” (giải thích tóm tắt); hoặc như cuốn “Tính lý đại toàn” của Hồ Quảng thời Minh, sang Việt Nam chỉ còn “Tiết yếu”. Đây là hiện tượng chung của nhiều triều đại quân chủ Việt Nam. Nếu ở triều Trần có “Tứ thư thuyết ước” của Chu Văn An, thì ở triều Lê - Trịnh có “Tứ thư ước giải” của Lê Quý Đôn, triều Nguyễn có “Tứ thư trích giảng” của Nguyễn Văn Siêu; nếu ở triều Lê - Trịnh có cuốn “Tính lý tiết yếu” của Bùi Huy Bích, thì ở triều Nguyễn cuốn đó vẫn còn được xem là cuốn sách giáo khoa mẫu mực. Chính điều này đã lược bớt rất nhiều điều, làm mất rất nhiều điểm có khả năng gợi mở, giản đơn hoá nội dung phong phú và súc tích của học thuyết khiến người học không lĩnh hội được chiều sâu của Nho giáo. Người được truyền đạt cũng hài lòng với cách làm đó thì mọi lối tư duy, mọi đường sáng tạo đều bị thu hẹp lại. Bên cạnh đó, Nho giáo Việt Nam đã pha trộn với tư tưởng của Phật giáo, Đạo giáo và các tín ngưỡng dân gian khác. Nhưng hạn chế lớn nhất là tập quán sùng bái thánh hiền, giáo điều và máy móc của giới Nho sĩ Việt Nam. Trong khi đó bên cạnh Nho giáo còn có nhiều trường phái tư tưởng khác như Đạo gia, Mặc gia, Pháp gia... Giữa các trường phái này luôn có sự tranh luận, phản bác nhau. Điều này khiến sự phát triển của Nho giáo Việt Nam hạn chế. Nó chỉ đạt đến mức độ tiếp thu một số tín điều từ Nho giáo Trung Hoa, chưa tạo được lý luận riêng, chưa xuất hiện các học phái khác nhau. Phương pháp tư duy của nó thiên về bảo thủ, giáo điều.[6]